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데이터 과학
COVID19 는 어디에서 왔을까? (feat. NCBI와 블라스트 )
2019년부터 유행하기 시작했던 코로나 바이러스 (COVID19)는 어디에서 왔을까? 라는 주제로 연구를 진행한적이 있다. 이를 증명하려면 유전자 서열을 비교하면 되는데 유전자 서열은 NCBI에서 찾아낼 수 있다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ National Center for Biotechnology Information UNITE A new NIH initiative to end structural racism and achieve racial equity in the biomedical research enterprise. LEARN MORE www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI는 미국국립생물공학 정보센터인데 88년부터 만들어졌는데 2000년대 들어서야 포털로서 기..
MEGA-X 사용법
MEGA-X를 다운 받는다. (https://www.megasoftware.net/) File 메뉴에서 open a File/seesion ... 메뉴를 선택한다. 저장했던 FASTA 형식으로 된 파일을 불러온다. FASTA 파일(https://tsyoon.tistory.com/2)은 이전 BIOEDIT에서 저장했던 파일을 사용해도 된다. Analyze or Align File? 이라는 팝업 메뉴가 뜨는데 여기서 Align을 선택한다. Analyze를 선택하게 되면 Editor 메뉴가 뜨는데 형식을 변경하고자 할 때 사용 할 수 있다. Align을 선택해서 서열 정리된 화면을 한번 보도록 하자. Aligment에서 ClustalW, MUSCLE 메뉴들을 선택할 수 있다. ClustalW를 선택한 후 정렬..
BIO EDIT 사용법
NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)에서 FASTA 형식의 서열들을 다운 받는다. 실험을 위해 5개의 spike SARS 단백질 서열들을 다운 받았다. GENBANK 아이디로 검색하면 서열이 나오는데 그것을 하나의 파일로 저장해 놓자. QBM11748.1 AAR86788.1 QHR63290.2 AVP78031.1 QIA48632.1 BioEdit에서 FASTA 서열을 불러온 다음 블록으로 처리 한 후 메뉴중 Accessory Application -> ClustalW Mutiple Aligement를 선택 한 후 Run ClustalW를 실행하면 된다. BioEdit 다운로드 받는 곳. (https://bioedit.software.informer.com/7.2/) BioEdi..