데이터 과학

바이오파이썬을 설치하였고, 라이브러리에서 문제없이 작동이 된다면 간단한 예제를 통해 맛보기 실습을 할 수 있습니다. 튜토리얼에 있는 예제를 가지고 FASTA 파일을 이용해서 실습을 해 보겠습니다. 실습용 FASTA 파일은 이 파일 을 다운로드 받아서 사용해도 되고 https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Doc/examples/ls_orchid.fasta 이 파일에 접속해서 다운 받아도 됩니다. 다운로드 받아서 쥬피터 노트북에 업로드해서 파일을 올려 놓습니다. 그리고, 다음과 같은 명령어를 입력하면 FASTA 파일을 화면에 출력하게 됩니다. 이후 실습은 Entrez (and PubMed) from the NCBI, ExPASy, SCOP..

바이오 파이썬 설치 방법에 대한 안내 Anaconda 기준으로 설명 1. Anaconda를 설치 한다. 2. 주피터 노트북을 실행한다. 아나콘다 설치와 주피터 노트북은 파이썬 사용자라면 기본적으로 설치가 되어 있을 것으로 판단. https://www.anaconda.com/products/individual Anaconda | Individual Edition Anaconda's open-source Individual Edition is the easiest way to perform Python/R data science and machine learning on a single machine. www.anaconda.com 위 사이트에서 다운로드 받으면 됩니다. 바이오 파이썬 홈페이지는 다음과 같습..

블라스트에서 나오는 염기서열 비교결과와 Clustal-W에서 나오는 염기서열 비교 결과는 다른데 그 이유는 알고리즘이 다르기 때문이다. 니들만 브뉘쉬 알고리즘과 스미스 워터만 알고리즘의 차이라고 할까. 실험을 할 때 어느 것을 선택해야 하는지는 본인이 결정하면 된다. 코로나 바이러스를 비교한 블라스트 결과 코로나 바이러스를 비교한 Mega-X 에서 CLustal_W 결과 이후 실험할 때 window (절삭)에 대한 부분이 있는데 서열비교할 때 너무 긴 서열은 비교하기가 쉽지 않다. 윈도로 잘라서 비교 분석하는게 좋은 방법인데, 여러번 비교해야 편향성에서 자유롭다. 어떻게 윈도로 만들어 내는지도 실험자의 기준이 있어야 한다. 9window로 할지 아니면 17window로 할지 이렇게 잘라낸 파일을 결정트리..

Filovirade - The family Filovirade, the negative stranded RNA viruses, is characterized by their enveloped, non-segmented, and filamentous forms and these viruses grow fast in monocytes, macrophages, fibro-lasts, and endothelial cells during infection. Filovirade causes serious viral hemorrhagic fever which can bring high fever, bleeding disorders, shock and death in many cases. There are curren..