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데이터 과학
간단한 예제 본문
바이오파이썬을 설치하였고, 라이브러리에서 문제없이 작동이 된다면 간단한 예제를 통해 맛보기 실습을 할 수 있습니다.
튜토리얼에 있는 예제를 가지고 FASTA 파일을 이용해서 실습을 해 보겠습니다.
실습용 FASTA 파일은 이 파일
을 다운로드 받아서 사용해도 되고
https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Doc/examples/ls_orchid.fasta
이 파일에 접속해서 다운 받아도 됩니다.
다운로드 받아서 쥬피터 노트북에 업로드해서 파일을 올려 놓습니다.
그리고, 다음과 같은 명령어를 입력하면 FASTA 파일을 화면에 출력하게 됩니다.
이후 실습은 Entrez (and PubMed) from the NCBI, ExPASy, SCOP 에서 DB안에서 FASTA를 찾아서 실습하면 됩니다.
간단한 예제를 마치고 다음에는 바이오파이썬의 다양한 명령어에 대한 설명을 하겠습니다.
Entrez Molecular Sequence Database System (nih.gov)
Entrez Molecular Sequence Database System
Introduction Entrez is a molecular biology database system that provides integrated access to nucleotide and protein sequence data, gene-centered and genomic mapping information, 3D structure data, PubMed MEDLINE, and more. The system is produced by the Na
www.ncbi.nlm.nih.gov
SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Expasy
SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Expasy
Text mining & Machine learning
www.expasy.org
SCOP| Structural Classification of Proteins (cam.ac.uk)
SCOP| Structural Classification of Proteins
scop.mrc-lmb.cam.ac.uk
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