데이터 과학

서열 정렬 서열 정렬 및 데이터베이스 검색 프로그램에서는 정렬을 통해 문자값을 가지고 비교하며 이에 대해 점수표(Scoring Matirix)를 활용하는 방법을 사용합니다. 방법1. 행렬의 점수를 정수 값으로 설정하고 동일하거나 유사한 쌍(pair)에는 양수가 부여되고 유사하지 않은 쌍(pair)은 음수 또는 0점을 부여합니다. 방법2. 일치성에 대한 점수를 설정하기는 방법으로는 문자가 일치 할때는 점수 1점을 부여하고 일치하지 않으면 점수 0점을 부여 합니다. 방법3. DNA 점수 반영에서 점수를 만들어 낼때는 일치성을 3, 번역(transition) 2 점과 transversions 에서는 0점을 설정합니다. 방법4. 단백질에서는 화학적 유사성 점수를 반영해야 하는데 유사한 화학적 고유 특성을 가진 ..

데이터 마이닝 툴인 WEKA에 대한 설치방법과 기본적인 사용방법입니다. WEKA는 뉴질랜드 waikato 대학에서 만든 프로그램으로 데이터 분석을 위한 툴입니다. 인공지능 알고리즘도 포함되어 있어 간단하게 데이터를 분석할때 유용한 프로그램으로 서열정열로 응용해서 사용할 수 있습니다. https://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/ Weka 3 - Data Mining with Open Source Machine Learning Software in Java Weka is a collection of machine learning algorithms for data mining tasks. It contains tools for data preparation, classification..

유사한 유전자를 서열분석을 하면 진화적인 관계를 통해 비슷한 생물학적 유사성을 찾아낼 수 가 있습니다. 서열분석은 유사성 검색 - 상동성 검색과 모티브 검색이 있습니다. 유사성 검색- 상동성 검색을 위해서는 Score Function 을 나타내어 최적화 시키는 방법으로 공백의 문자수를 최소화 하거나 일치되는 문자를 최대화 하는 방법을 사용합니다. Score Function을 위해 유사성 측정값에 대한 가점과 감점을 부여하여 계산을 합니다. 서열 정렬법으로는 Global, Local 정렬법, Pairwise , Multiple 정렬 방법이 있습니다. - Global 정렬법 D(i; j) = max D(i-1, j -1) + s(xi,yj) D(i -1..

NCBI에서 서열을 찾아서 블라스트에서 분석하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 서열 검색방법은 NCBI를 접속 한 이후 학명(scientific name)으로 찾아야 합니다. 많이 쓰는 단어로 검색을 해도 되는데 학명으로 찾으면 좀 더 정확히 찾을 수 있습니다. 그리고, 비교 할 범위나 부위 같은 대상이 명확해야 서로 정확한 위치의 서열비교가 가능합니다. 코로나의 ORF와 메르스의 spike 서열을 비교하면 정확한 비교가 아니겠죠. NCBI 사이트에 접속합시다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ National Center for Biotechnology Information UNITE A new NIH initiative to end structural racism and achiev..