MEGA-X 사용법

MEGA-X를 다운 받는다. (https://www.megasoftware.net/)

 

MEGA-X를 실행한 화면

File 메뉴에서 open a File/seesion ... 메뉴를 선택한다.

저장했던 FASTA 형식으로 된 파일을 불러온다.

FASTA 파일(https://tsyoon.tistory.com/2)은 이전 BIOEDIT에서 저장했던 파일을 사용해도 된다. 

 

Analyze or Align File? 이라는 팝업 메뉴가 뜨는데 여기서 Align을 선택한다.

 

 

Analyze를 선택하게 되면 Editor 메뉴가 뜨는데 형식을 변경하고자 할 때 사용 할 수 있다.

 

Editor 화면

Align을 선택해서 서열 정리된 화면을 한번 보도록 하자.

 

정렬 화면

Aligment에서 ClustalW, MUSCLE 메뉴들을 선택할 수 있다.

 

ClustalW를 선택한 후 정렬하면

 

ClustalW 선택 이후 정렬된 화면 

서열정렬이 나타나는데 앞서 bioEdit에서 진행했던 서열과 큰 차이는 없다. ClustalW 알고리즘이 같다.

 

계통도 분석을 위한 방법은 다음과 같다.

 

Data -> Phylogeny Analysis 메뉴를 선택한다.

 

*.meg 파일로 저장을 하고 MEGA 화면에서 Phylogeny -> Constructor 메뉴를 선택한다.

 

OK를 선택하면 다음과 같은 결과가 나타난다.

 

계통수 Maximum Likelihood Method 

 

이 계통도를 통해 현재 SARS2와 Pangolin의 관계를 알 수 있으며, MERS와는 거리가 있다는 것을 분석 할 수 있다.

 

Distance -> Compute Pairwise Distances...를 선택하면 거리값을 나타낼 수 있다,

 

서열정렬 후에 MEGA format으로 저장하는 방법은 다음과 같다.

Data -> Export Alignment -> Mega format

 

알맞은 파일이름으로 입력 한 후 저장한다.

 

 

다양한 계통수 알고리즘으로 작성이 가능하다. 

 

UPGMA부터 ML 까지

 

계통수 (Tree) 메뉴는 5가지의 메뉴가 있다.

 

Maximun likelihood Tree

Neighbor-Joining Tree

Minimum-Evolution Tree

UPGMA(Unweighted Pair Group Method 및 Arithmetic Mean) Tree

Maximum Parsimony Tree

 

 

 

BLAST

 

BLAST 사이트에 접속한 후 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

 

하단에 있는 Multiple Alignment를 선택한다.

MEGA-X에서 사용했던 FASTA 서열을 복사한 후 입력한다. Align을 클릭한다.

결과는 Alignment, Description, Graphical Overview까지 나타난다.

 

블라스트 사용법 참고 -> 

 

위에 있는 메뉴중에 Phylogenetic Tree를 선택하면 계통수 나무가 결과로 보인다.

 

블라스트에서 계통수

 

Mega-x에서 나온 결과와 큰 차이점은 없다.

 

download를 선택하면 Fasta plus gaps, Clustal, Phylip, Nexux, ASN.1 파일 형식으로 다운로드 받을 수 있다.