ucsf 키메라(chimera) 사용법

미국 캘리포니아 샌프란시스코대(UCSF)에서 개발한 chimera 프로그램 사용방법입니다.

아래 링크에 들어가서 운영체제에 맞게 다운로드합니다. 

https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

Download UCSF Chimera

 

설치한 후에 실행을 하면 다음과 같은 프로그램이 나타납니다. 

 

 

 

메뉴에 대한 설명은 아래 링크를 참고하세요. 

https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/framecore.html

 

 

PDB 파일 하나를 불러와 보겠습니다. 

 

키메라에서 File -> Open -> *.PDB 해서 불러오면 됩니다.

관련된 파일은 SARS-CoV-2 N 프로틴 파일입니다. 

 

https://www.rcsb.org/

 

위 사이트에서 검색해서 가져오면 됩니다. 

7n0i.pdb

1.72MB

 

 

키메라에서 불러온 이미지

 

 

Presets 메뉴에서 Ribbon을 선택하면 색상이 들어옵니다. 

이후에 Favorites 메뉴에서 sequence를 선택하면 서열이 나타납니다. 

 

서열을 하나씩 선택해 보면 아미노산 서열이 나타납니다. 구조에 대한 아미노산 서열인데 서열을 선택하면 그에 대한 구조가 어디에 어떤 서열이 나와 있는지가 보입니다. 

 

서열이 나타는데 여기에서 서열을 하나 선택해 보세요.

서열에서 LEHHHHHH를 선택해 보니 오렌지색 모양의 구조에서 색상 변화가 있네요.

 

여러 가지 다양한 메뉴들이 있는데 Tools안에 Favorites -> Animation을 선택하면 동영상도 만들 수 있습니다. 

애니메이션으로 만들고자 하는 구조를 선택해서 메뉴에 넣으면 애니메이션 효과를 얻을 수 있겠습니다. 

 

Scenes에서 선택한 후, Timeline에 옮겨 보세요. 그리고 진행 버튼을 선택하면 애니메이션 효과가 나타납니다.

 

키메라는 많은 기능이 있습니다.

아래 내용은 이주용 교수님(https://www.youtube.com/watch?v=oWwZs1Skuu0) 영상에 나오는 내용을 일부 정리한 내용입니다. 

 

키메라는 Uniprot에서 ID를 받아서 서열 분석을 할 수 있는데, Fetch를 활용하면 됩니다. 

그런데 405 포트 에러가 나타납니다. 

 

 

그래서 직접 FASTA 파일을 다운로드하여서 로드하면 됩니다. 

Uniprot에 가서 sars를 검색해서 Spike 프로틴 FASTA 파일을 가져옵니다. 

 

P59594.fas

0.00MB

 

File -> open -> Fasta를 선택해서 가져옵시다. 

 

Info-> Blast search를 선택합니다. 

 

 

OK를 계속 눌러주세요. 

 

 

하단에 있는 PDB ID가 7xNS를 선택합니다.  Score는 1961로 나와 있네요.  하단의 메뉴 Load Structure를 불러와 봅니다. 

 

 

 

show in MAV를 누르면 서열 정보가 나타납니다. 

 

 

여기서 Structure -> Modeller를 선택해 봅시다. 

Modeller 홈페이지는 아래 링크입니다. 

 

https://www.salilab.org/modeller/

 

등록 한 후에 라이센스 키를 받아야 합니다. 라이센스키는 설치할 때 요구하기도 합니다. 

 

 

라이센스 키가 오면 이후에 작성하겠습니다. 

 

 

 

참고: https://www.youtube.com/watch?v=FFNvqeynwac 

 

 

7maw.pdb

0.77MB