COVID19 는 어디에서 왔을까? (feat. NCBI와 블라스트 )

2019년부터 유행하기 시작했던 코로나 바이러스 (COVID19)는 어디에서 왔을까?

라는 주제로 연구를 진행한적이 있다. 

 

이를 증명하려면 유전자 서열을 비교하면 되는데 유전자 서열은 NCBI에서 찾아낼 수 있다. 

 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

National Center for Biotechnology Information

 

NCBI는 미국국립생물공학 정보센터인데 88년부터 만들어졌는데 2000년대 들어서야 포털로서 기능을 갖춘것으로 기억된다. 지금도 UNI-Prot 이외에 가장 많은 서열정보와 논문이 있는 곳으로 유용한 사이트이다. 

 

여기에서 5가지 데이터를 찾아 보도록 하자. 

Spike 단백질을 예제로 한다. 

 

하나는 QBM11748.1 (GENBANK ID) 인 MERS 

또 하나는 AAR86788.1 -    SARS , QHR63290.2  - corona2,    AVP78031.1 - Bat,  QIA48632.1 - Pangolin

 

SARS를 검색하면 COVID19 서열 정보가 나타난다. 

 

5개 코로나 바이러스를 찾기 귀찮으면 아래 파일을 참고 하면 된다. 

5_corona_spike.fas

0.01MB

 

NCBI에서 Blast 메뉴를 찾아 클릭한다. 

 

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

 

블라스트 페이지에서 Mutilple Aligement를 선택한다. 

 

 

 

 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/cobalt.cgi?LINK_LOC=BlastHomeLink 

COBALT:Multiple Alignment Tool

COBALT는 멀티플 정렬 메뉴로 여기서 위 5개의 FASTA 내용을 입력한다. 

 

Align 을 클릭~

 

결과를 보면 다음과 같다. 

 

5개 spike 단백질 결과 

 

 

공백과 점수화된 서열정렬이 나타난다. (BLOSUM62를 기본)

COBALT 위에 보면 Phylogenetic Tree 메뉴가 있다. 

계통수 나무를 한번 보자. 

 

 

계통수를 보기위해 Phylogenetic Tree을 클릭~

 

계통수가 보면 COVID19와 가까운 것은 Pangolin

 

Pangolin이 BAT보다 가까운 결과가 나온다.

Spike 단백질을 놓고 보면 BAT-> Pangolin -> Human으로 이어진 것이 COVID 19의 진행방향이라는 추론이 나온다. 

 

Pangolin이 무엇이냐고 물으신다면.

 

https://en.wikipedia.org/wiki/Pangolin 

Pangolin - Wikipedia

천산갑입니다.