데이터 과학

로제타 폴드를 실습하기 위해 노트북에 설치를 해 봤습니다. 아래 링크대로 순차적으로 설치를 진행하였으며, 중간중간 에러를 수정해 가면서 진행했습니다. https://tsyoon.tistory.com/274 Ubuntu 24.04에 RoseTTAFold-All-Atom 설치하기RTX 5060 , SSD 2TB 환경 기준RoseTTAFold-All-Atom은 단백질뿐 아니라 DNA, RNA, 작은 분자, 금속 이온을 포함한 복합체 구조를 예측할 수 있는 인공지능 기반 구조 예측 도구입니다.기존 RoseTTAFold가 주로 단tsyoon.tistory.com 데이터베이스를 다운로드하는 데는 반나절이나 걸렸던 것 같습니다. BFD 파일이 워낙 대용량이어서 오래 걸리 이유도 있었습니다. SignalP 6은 연구..

RoseTTAFold-All-Atom에서 데이터베이스와 분석RoseTTAFold-All-Atom(RFAA)을 로컬 컴퓨터에 설치하다 보면 UniRef30, BFD, PDB100, Legacy BLAST 2.2.26과 같은 여러 종류의 데이터와 프로그램을 설치하게 됩니다. 처음 접하면 이 네 가지가 모두 비슷한 데이터베이스처럼 보이지만 실제 역할은 상당히 다릅니다.UniRef30과 BFD는 단백질의 진화적 정보를 찾기 위한 서열 데이터베이스이고, PDB100은 이미 알려진 단백질의 3차원 구조를 참고하기 위한 구조 템플릿 데이터베이스입니다.Legacy BLAST 2.2.26은 데이터베이스가 아니라 단백질 서열을 검색하고 비교하는 데 사용되는 분석 프로그램입니다. RoseTTAFold-All-Atom의 구조..