로제타 폴드 설치와 사용기

로제타 폴드를 실습하기 위해 노트북에 설치를 해 봤습니다. 

아래 링크대로 순차적으로 설치를 진행하였으며, 중간중간 에러를 수정해 가면서 진행했습니다. 

 

https://tsyoon.tistory.com/274

Ubuntu 24.04에 RoseTTAFold-All-Atom 설치하기

 

데이터베이스를 다운로드하는 데는 반나절이나 걸렸던 것 같습니다. BFD 파일이 워낙 대용량이어서 오래 걸리 이유도 있었습니다. 

SignalP 6은 연구기관 인증이 안되어 있어서 설치를 못한 상황이라, 추후 인증이 되면 다운로드하여서 설치하겠습니다. 

BFD는 압축을 해제하니 용량이 1.4TB 정도가 필요하여 설치를 못하고 외장하드에 옮겼습니다.  

 

결과적으로는 BFD와 SignalP 6 두 개를 설치 못한 상태로 실험을 진행했습니다. 

 

 

우선 설치하는 내용을 스냅샷으로 찍은 내용부터 살펴봅시다. 

 

Miniforge와 Mamba 설치

 

Miniforge와 Mamba를 설치한 후에 

 

콘다 설치

 

conda 환경을 설정합니다. 

 

 

 

호환성 확인

 

 

데이터베이스 다운로드

 

데이터베이스를 다운로드하는데 시간이 많이 걸립니다. 

 

UniRef30, BFD, PDB100 3개의 데이터 베이스를 사용하는데 가장 오랜 시간 걸리는 것이 BFD입니다. 

 

데이터베이스를 다운받고 압축을 해제한 내용

 

다운로드한 데이터베이스를 하나씩 압축을 해제합니다.

BFD는 용량문제로 압축 해제를 하지 않았습니다. 

 

RFAA 활성화

 

활성화를 통해 GPU 상태를 확인합니다. 

예시를 통해 단백질 구조를 나타냅니다.

 

예시를 입력해 보고, pymol을 다운로드하여서 활성화하여 입력된 서열이 어떤 구조로 나오는지 확인합니다.

 

이렇게 해서 거의 하루 가까이 로제타폴드를 설치해서 아주 간단한 예시를 만들어 보았습니다. 

 

BDF 설치문제로 현재 4TB를 주문한 상태여서 이후에는 BFD와 signalP 6을 설치한 후에 내용을 추가하겠습니다. 

노트북은 RTX 5050 이며, 우분투 26 버전이며, 램은 32GB이며 CPU는 인텔 5 210H 2.2 GHz입니다.