데이터 과학

AlphaFold 3 설치 및 데이터베이스 구축하기AlphaFold 3는 단백질뿐 아니라 DNA, RNA, 리간드, 이온 및 다양한 생체분자 복합체의 3차원 구조를 예측할 수 있는 인공지능 기반 구조예측 시스템입니다. 로컬 Ubuntu 환경에 AlphaFold 3를 설치하려면 단순히 프로그램 소스만 내려받는 것으로 끝나지 않습니다. NVIDIA GPU 환경, Docker, 모델 파라미터, 그리고 수백 GB 규모의 생물정보학 데이터베이스까지 함께 준비해야 합니다.이 글에서는 Ubuntu 환경에서 AlphaFold 3를 설치하는 전체 과정을 프로그램 설치, GPU 설정, 데이터베이스 구축, 입력 파일 작성, 구조 예측 실행, 결과 확인까지 순서대로 설명합니다.1. AlphaFold 3의 전체 구조AlphaF..

이전 연구에서 로제타폴드를 설치하고 데이터베이스를 이용하여 단백질 구조예측을 진행해 보았습니다.그리고, 데이터베이스 종류에 대해 알아보았으며 이를 설치하고 사용하는 방법도 알아봤습니다. https://tsyoon.tistory.com/276 RoseTTAFold-All-Atom에서 데이터베이스RoseTTAFold-All-Atom에서 데이터베이스와 분석RoseTTAFold-All-Atom(RFAA)을 로컬 컴퓨터에 설치하다 보면 UniRef30, BFD, PDB100, Legacy BLAST 2.2.26과 같은 여러 종류의 데이터와 프로그램을 설치하게 됩니다. 처음tsyoon.tistory.com 그렇다면 데이터베이스를 좀 더 늘리고 이를 참고한다면 구조예측의 정확도나 커버러지 값은 더 높아지지 않을까 ..