pymol (단백질 구조 뷰어 프로그램)

 

단백질 구조 뷰어 프로그램

 

pymol은 델라노사이언티픽에 의해서 상업화된 오픈 소스, 사용자지원의 분자시각화 시스템입니다. 

 

https://pymol.org/

PyMOL | pymol.org

 

 

 

 

 

 

 

다운로드하고 설치하면 됩니다. 

 

 

 

 

설치가 끝나고 나면 이전에 알파폴드에서 단백질구조 분석을 했던 파일을 찾아서 압축을 풀어 봅니다. 

 

서열은 NCBI에서 PspGI methyltransferase를 검색해서 찾아낸 서열이며 이를 코랩폴드에서 작업한 결과를 첨부 파일로 올립니다. 

>pdb|2FQZ|D Chain D, R.Ecl18kI
MQRLSPGEFKTLISKERKSHFITPFALVYKTFCDLGYDQKNSDYFLNNPSEYIIAMRKNCWKEFEPFEKE
FTTRMLSYLIDEERIKDMSPYDAIRDFTMEYPTHIYDLALSNTQSRRSRAGKEFESILELLMMGAGIPVD
VQGAIGKSFFQKNQIGKLVDLVMPGVVQYTSNKRNTMLISAKTTLRERWQEVPEEVNRTGIREMYLATLD
DSFSEETINILYEANVVVVTTVENKNFKYKNNNRVLTFEDMLQSAMELSRKWNNVSYTDSEKEEIQQSIL
KQIEKYSDFPYVVNYYRNRLSALFD

 

 

https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb

AlphaFold2.ipynb

 

 

 

여기서 파란색깔릉 Very high 점수여서 높은 예측율을 가진다는 의미입니다.

 

 

 

 

 

이제 pymol을 실행시켜 봅시다. 아래는 pymol +console 실행화면입니다.

 

 

라이센스를 등록하면 6개월을 사용할 수 있고, 아니면 30일 동안 쉐어웨어로 사용이 가능합니다. 

 

우선은 PDB 포맷으로 구조를 보려는것이 목적이기에 PDB를 클릭.

 

    

아래 파일이 알파폴드로 계산된 단백질구조가 있는 파일입니다. 

압축을 풀고 이 폴더 안에 있는 PDB 파일을 볼러 오면 됩니다. 

 

test_3d58e.result.zip

1.90MB

 

 

 

 

 

 

 

 

참고 사이트: https://m.blog.naver.com/wondrous_world/222215717581

PyMOL 101 (1) : PyMOL 설치 및 기본 조작법