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데이터 과학

phylip 계통수

phylip을 이용한 계통수 그리는 방법에 대한 내용입니다. phylip은 University of Washington에서 만든 계통수(phylogenetic tree) 프로그램입니다. 프로그램이 GUI가 지원되지 않으며 명령어를 콘솔에 입력하는 방법이어서 너무 단조롭긴 하며 사용하지만 사용하는데 큰 불편함은 없습니다. phylip 홈페이지는 다음과 같습니다. https://evolution.gs.washington.edu/phylip.html PHYLIP Home Page A new release of PHYLIP, version 3.698, is now available as source code. This release differs in correcting the consensus tree bug..
생명정보학 & 화학정보학/바이오파이썬 2022. 4. 29. 21:55
바이오파이썬에서 계통수 그리기

바이오파이썬에서 계통수를 그리는 방법을 알아보겠습니다. 우선, 5개정도의 핵산 서열을 찾아서 실험을 위한 표본으로 만들어 놓습니다. MEGA-X에서 서열분석을 통해 정렬을 해 놓으면 좀 편합니다. sample0822.fasta는 정렬하기전에 NCBI에서 찾은 파일입니다. 5개의 spike 핵산을 다음과 같습니다. >AY463060.1 SARS coronavirus ShanghaiQXC2 >KJ650296.1 Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate KFU-HKU 19Dam >NC_004718.3 SARS coronavirus Tor2 >MN996531.1 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolat..
생명정보학 & 화학정보학/바이오파이썬 2021. 8. 22. 22:53
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