phylip 계통수

phylip을 이용한 계통수 그리는 방법에 대한 내용입니다. 

 

phylip은 University of Washington에서 만든 계통수(phylogenetic tree) 프로그램입니다. 

프로그램이 GUI가 지원되지 않으며 명령어를 콘솔에 입력하는 방법이어서 너무 단조롭긴 하며 사용하지만 사용하는데 큰 불편함은 없습니다.

 

phylip 홈페이지는 다음과 같습니다. 

 

https://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

PHYLIP Home Page

 

phylip 홈페이지에 접속하여서 Get me Phylip now 메뉴에서 윈도우용 프로그램을 다운로드합니다. 

64비트 프로그램은 phylip-3.698.zip으로 되어 있습니다. 

 

압축을 풀고 설치하면 됩니다. 

 

 

NCBI- 블라스트에 접속하여 아래 예제를 COBALT로 실행해 봅시다. 

 

h1n1_ha.fas

0.02MB

 

 

h1n1에서 헤마글루틴으로 구성된 예제입니다. 

블라스트를 이용해서 phylip 예제를 만들어 낼 수 있습니다. 

 

 

 

test.phylip

0.02MB

 

 

블라스트에서도 계통수를 나타낼 수 있습니다.

이 예제를 가지고 phylip 에서 실행해서 계통수를 만들어 내려고 합니다. 

단백질 거리라는 이름의 명령어인 protdist.exe 파일을 실행합니다. 

 

protdist를 콘솔에 입력하거나 입력 파일을 같이 실행해도 됩니다. 

 

protdist test.phylip

 

 

내용참고: http://www.incodom.kr/phylip

 

 

Use JTT, PMB, PAM, Kimura, categories model? 

 

메뉴에서는 P를 선택하면 선택할 수 있는 메뉴가 나옵니다. 

Y를 눌러주세요.

 

 

실행이 되면서 outfile이 생성됩니다. 

 

outfile

0.01MB

 

이 outfile을 input으로 이름을 바꾸고 neigbor 명령어를 실행하면 NJ tree가 파일로 저장됩니다. 

 

 

이렇게 실행이 되면서 출력물이 2개가 생성됩니다. 

 

 

outfile

0.00MB

outtree

0.00MB

 

 

outfile을 Figtree 툴을 사용하면 트리를 확인할 수 있습니다. 

 

FigTree 툴은 아래 사이트에서 다운로드 받을 수 있습니다. 

 

http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

FigTree

 

Fig Tree를 설치하고 outfile 을 불러오면 다음과 같은 결과나 나옵니다. 

 

내용참고: http://www.incodom.kr/FigTree

 

 

바이오 파이썬을 이용한 계통수 그리는 방법은 아래 링크에 있습니다. 

바이오 파이썬을 활용하는 방법도 있으며 MEGA에서도 계통수를 그릴 수 있습니다. 블라스트에서도 가능합니다. 

 

https://tsyoon.tistory.com/20

바이오파이썬에서 계통수 그리기