데이터 과학

Reduce는 PDB 구조 파일에 수소 원자를 추가하고, 기존 원자의 방향을 최적화해 주는 도구입니다. The Richardson Lab (Duke University)에서 개발했으며, 특히 X-ray 결정구조에서는 빠져 있는 수소 원자를 보완할 때 자주 사용됩니다. 주요 기능은 다음과 같습니다. 수소 원자 자동 추가대부분의 실험 구조(PDB)는 수소를 포함하지 않음 → Reduce가 자동으로 적절히 배치Side-chain orientation 조정Asn, Gln, His 등 방향성이 모호한 잔기들의 방향(아민/아마이드/이미다졸)을 수소 결합에 맞게 회전시킴입체화학/수소 결합 고려가능한 수소 결합을 고려해 구조의 입체화학을 개선 아래와 같은 명령어로 수소가 없는 PDB 구조에서 수소가 추가된 구조를 ..

간단한 PDB (Protein Data Bank) 형식의 예제 파일을 파이썬 코드로 생성을 해 보면 아래와 같습니다. pdb_content = """\ HEADER TEST PDB FILE 09-MAY-25 TITLE SIMPLE ALANINE DIPEPTIDE ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 10.349 1.00 20.00 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.107 10.516 1.00 20.00 C ATOM 3 C ALA A 1 13.108 14.515 10.877 1.00..