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데이터 과학

UPGMA 계통수

UPGMA는 "Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean"의 약자로, 계통 분석에서 사용되는 클러스터링 알고리즘입니다. UPGMA는 분자 생물학, 계통학, 유전학 등 다양한 분야에서 종간의 유사성을 분석하고 계통수를 구성하는 데에 활용됩니다. UPGMA 알고리즘은 다음과 같은 절차로 계통수를 생성합니다: 1. 입력 데이터 준비: 유사성 행렬을 사용하여 종 또는 개체 간의 유사성을 표현합니다. 일반적으로 거리 행렬이 사용되며, 거리는 종 또는 개체 간의 유사성을 측정하는 방법에 따라 계산됩니다. 2. 초기 클러스터 생성: 각 종 또는 개체는 개별적인 클러스터로 간주됩니다. 3. 클러스터 간 거리 계산: 모든 클러스터 쌍 간의 거리를 계산합니다. 일반적으로 클러..
생명정보학 & 화학정보학/바이오파이썬 2023. 5. 28. 17:40
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