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데이터 과학
GenBank 정보 불러오기
실험데이터 바이오파이썬 라이브러리중에서 Seq 클래스 앞에는 서열 레코드를 정의해 주는 SeqRecord 클래스가 있는데 이 명령어는 Bio.SeqRecord 모듈로 정의해서 사용할 수 있습니다. SeqRecord는 FASTA 형식과 GenBank 파일 형식을 레코드 형식으로 표현하는 방법입니다. 여기서는 SeqIO 명령어를 이용해서 GenBank를 불러오는 방법을 진행해 보겠습니다. 샘플 데이터는 nc_005816.gb 데이터입니다. 현재 NCBI에 올라와 있는 2020년식 데이터는 서열정보가 없어서 2008년 데이터로 간단하게 레코드 확인을 진행합니다. NCBI에서는 GenBank의 서식을 기본으로 구성이 되어 있어 GenBank 파일 형식을 이해해 보는 것이 좋습니다. 주피터 노트북을 실행해서, n..
생명정보학 & 화학정보학/바이오파이썬
2021. 8. 15. 19:52