Docker 설치 - 알파폴드3 구축 관련

알파폴드3를 설치하기 위해서는 Docker가 필수요소입니다. 이에 대한 설명서입니다, 

 

관련 내용은 블로그 280번에 있습니다 

https://tsyoon.tistory.com/280

 

Ubuntu에서 Docker 설치 및 실행 환경 구성하기

AlphaFold 3와 같이 GPU를 사용하는 인공지능 프로그램을 Ubuntu에서 실행할 때는 Docker 기반 환경을 이용하면 프로그램별 Python, CUDA 및 라이브러리 충돌을 줄일 수 있습니다.

여기에서는 Ubuntu에 Docker Engine을 설치하고 정상적으로 실행되는지 확인하는 과정까지 정리합니다.

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1. Docker 설치를 위한 기본 패키지 설치

먼저 Ubuntu 패키지 목록을 업데이트하고 Docker 저장소 등록에 필요한 패키지를 설치합니다.

 

sudo apt update
sudo apt install -y ca-certificates curl

 

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2. Docker 공식 GPG 키 등록

Docker 공식 저장소에서 제공되는 패키지를 안전하게 설치할 수 있도록 GPG 키를 등록합니다.

 

sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings

sudo curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg \
  -o /etc/apt/keyrings/docker.asc

sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.asc

 

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3. Docker 공식 저장소 등록

Docker 공식 Ubuntu 저장소를 시스템에 등록합니다.

 

sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.sources <<EOF
Types: deb
URIs: https://download.docker.com/linux/ubuntu
Suites: $(. /etc/os-release && echo "${UBUNTU_CODENAME:-$VERSION_CODENAME}")
Components: stable
Architectures: $(dpkg --print-architecture)
Signed-By: /etc/apt/keyrings/docker.asc
EOF

 

저장소를 등록한 후 패키지 목록을 다시 업데이트합니다.

 

sudo apt update

 

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4. 기존 Docker 호환 패키지 충돌 확인

Ubuntu에 Podman 또는 Ubuntu 기본 Docker Compose가 설치되어 있는 경우 Docker 공식 패키지와 충돌할 수 있습니다.

특히 다음과 같은 오류가 발생할 수 있습니다.

trying to overwrite
/usr/libexec/docker/cli-plugins/docker-compose

which is also in package docker-compose-v2

 

이 경우 기존 충돌 패키지를 제거합니다.

 

sudo apt remove -y podman-docker docker-compose-v2
sudo apt --fix-broken install

 

여기서 podman-docker는 Podman 자체가 아니라 docker 명령을 Podman으로 연결해 주는 호환 패키지입니다.

기존 시스템에서 다음과 같이 표시되었다면 실제 Docker가 아니라 Podman이 docker 명령을 대신 처리하고 있는 것입니다.

Emulate Docker CLI using podman.
podman version ...

 

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5. Docker Engine 설치

이제 Docker Engine과 필요한 플러그인을 설치합니다.

 

sudo apt install -y \
  docker-ce \
  docker-ce-cli \
  containerd.io \
  docker-buildx-plugin \
  docker-compose-plugin

 

설치되는 주요 구성 요소는 다음과 같습니다.

• docker-ce : Docker Engine
• docker-ce-cli : Docker 명령어
• containerd.io : 컨테이너 런타임
• docker-buildx-plugin : Docker 이미지 빌드 기능
• docker-compose-plugin : Docker Compose 기능

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6. Docker 서비스 실행

Docker 설치가 완료되면 Docker 서비스를 시작합니다.

 

sudo systemctl enable --now docker

 

이 명령에서 enable은 Ubuntu 부팅 시 Docker를 자동으로 시작하도록 설정하고, --now는 Docker 서비스를 즉시 시작합니다.

Docker 실행 상태는 다음 명령으로 확인합니다.

 

sudo systemctl status docker --no-pager

 

정상적으로 실행되고 있다면 다음과 같이 표시됩니다.

Active: active (running)

 

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7. Docker 설치 확인

Docker 버전을 확인합니다.

 

docker --version

 

Docker Compose도 확인합니다.

 

docker compose version

 

정상적으로 설치되었다면 Docker 및 Docker Compose 버전 정보가 출력됩니다.

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8. Docker 컨테이너 실행 테스트

마지막으로 Docker에서 제공하는 테스트 컨테이너를 실행합니다.

 

sudo docker run hello-world

 

다음과 같은 메시지가 나타나면 Docker Engine이 정상적으로 설치된 것입니다.

Hello from Docker!

 

이 과정에서는 Docker가 테스트 이미지를 다운로드한 뒤 실제 컨테이너를 생성하여 실행합니다. 따라서 단순히 Docker 프로그램이 설치된 것뿐만 아니라 Docker Engine이 실제로 컨테이너를 실행할 수 있는 상태인지 확인할 수 있습니다.

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AlphaFold 3 설치를 위한 다음 단계

Docker 설치가 완료되었다고 해서 AlphaFold 3가 바로 NVIDIA GPU를 사용할 수 있는 것은 아닙니다.

AlphaFold 3를 GPU로 실행하기 위해서는 다음 단계로 NVIDIA Container Toolkit을 설치해야 합니다.

전체적인 구성 과정은 다음과 같습니다.

Ubuntu
   ↓
NVIDIA GPU 드라이버
   ↓
Docker Engine
   ↓
NVIDIA Container Toolkit
   ↓
Docker에서 NVIDIA GPU 인식 확인
   ↓
AlphaFold 3 설치
   ↓
AlphaFold 3 GPU 실행